熊本県は、２０２０年７月豪雨で被災したＪＲ肥薩線の再整備関連業務２件の公募型プロポーザルの審査結果を公表した。「ＪＲ肥薩線坂本駅再整備調査検討業務」はパシフィックコンサルタンツ・野村総合研究所ＪＶを特定、「ＪＲ肥薩線鉄道事業再構築準備調査・検討業務」は野村総合研究所・パシフィックコンサルタンツＪＶを特定した。
　坂本駅再整備調査検討業務は、坂本駅と駅周辺の再整備に向け、現状や課題を調査・分析し、復旧後の坂本駅を核としたまちづくりの方向性を検討する。駅周辺の土地をかさ上げする場合としない場合のリスク分析や課題整理、災害時の安全性の検討、概算事業費の算出などを行う。履行期限は２７年３月１９日。
　鉄道事業再構築準備調査・検討業務は、３３年度ごろの運行再開を見据え、国の鉄道事業再構築制度を活用した事業実施の可能性を検討するための基礎資料を作成する。現状把握や論点整理をはじめ、収支シミュレーション、費用便益比（Ｂ／Ｃ）の算出、実施計画策定の支援などを行う。履行期限は２７年２月２６日。
　肥薩線は、２０年７月豪雨で鎌瀬―瀬戸石間の「球磨川第一橋りょう」と那良口―渡間の「第二球磨川橋りょう」が流失したほか、盛り土や路盤、道床の流出など計４４８カ所で被害を受けた。八代－人吉間約５１.８㎞については、２４年４月に鉄道で復旧することを基本合意したが、被災前から赤字路線だったことを踏まえ、復旧後の利用促進に向け、駅舎のリニューアルや観光拠点の整備など利活用策が進められている。