規模はRC・S造地下1階地上3階建て延べ1万3565㎡。1階に窓口部門を集約し、2階に執務室や市民が利用可能な大会議室を備える。3階は議会フロア。施設中央は吹き抜けとし、各階の視認性や一体感を高める。地下は備蓄倉庫などとする。
災害対応として制震構造を採用するほか、一部諸室は床免震ラックとする。十分な耐風圧強度を確保した赤瓦屋根や窓設計とし、台風にも万全を期す。隣接する消防庁舎やヘリポート、八重山病院と連携しやすい建築計画とする。
石垣の魅力を発信するため、赤瓦屋根のほか、琉球石灰岩など地場の自然資材を活用する。建設地は同市真里栄の旧石垣空港跡地。敷地面積は約3万0159㎡。